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1990年，贵州的“寻锰”事业陷入低谷。

在那以前，传统的锰矿外生沉积成矿理论认为，锰矿主要是在盆地边缘或是在海边成矿，来自远古大陆的锰质经长期风化、剥蚀、搬运等，最终在盆地边缘或海边沉积成矿。

但周琦始终认为锰矿的出现有规律可循，传统的锰矿外生沉积成矿理论难以解释。

为进一步深化自己的锰矿成矿新认识，周琦决定继续深造。2000年，周琦考入中国地质大学（武汉），先后攻读了硕士研究生和博士研究生。

博士毕业后，周琦突破了国际上锰矿主要是外生沉积成矿理论的束缚，创立了全新的锰矿喷溢沉积成矿的新理论，研发了一套隐伏喷溢沉积型锰矿找矿关键技术体系。通过转化应用，这套体系在黔东地区实现锰矿找矿重大突破，使黔东成为世界级锰矿资源富集区，贵州锰矿资源储量跃居亚洲第一，维护了国家锰矿资源安全。

与此同时，他的团队将创立的隐伏喷溢沉积型锰矿找矿勘查理论技术体系，推广应用到贵州遵义二叠纪锰矿国家整装勘查区找矿实现新突破。

在这个过程中，他带出来的许多年轻人也脱颖而出——团队成员1人于2017年获“中国地质学会第十六届青年地质科技奖——银锤奖”；2018年获得贵州省科技进步三等奖；2019年入选贵州省优秀青年科技人才培养计划；团队成员2人于2017年荣获贵州省青年科技奖。

“寻锰”43年，周琦不仅带出了一支优秀的地质科研团队，还获誉多项——先后入选国家百千万人才工程并授予“有突出贡献的中青年专家”称号、贵州省高层次创新型“十层次”人才，荣获“李四光地质科学奖”“周光召科技奖”“全国创新争先奖状”……

诸多荣誉勉励着周琦孜孜不倦地活跃在科研一线，他意气风发地说：“踏遍青山找矿报国是我的初心，也是我奋斗终身的事业，我将永远保持奋斗精神，将找矿进行到底，为贵州省推进‘富矿精开’，构建现代化产业体系尽自己的一份力量。”