对于屯堡文化，应该进行几个方面的深度研究：一是基于前遗史学和民间历史文献学视角，系统收集整理屯堡历史文献资料，包括家谱、契约、碑刻、藏布、唱本、图谱等，以及在民间的口传文献，包括山歌、孝歌、佛歌、方言等。二是要基于乡村文化的定位开展屯堡历史文化研究。屯堡的定位就是乡村，就是特定区域特定属性的传统乡村，要基于乡村文化、乡村社会、乡村史乃至于乡村志的角度和视野来研究屯堡文化。三是要基于历史人类学的视角研究屯堡文化，在历史人类学的理论视野下来重审屯堡文化的意义和价值。四是要基于历史地理学的视角来研究屯堡文化，才能够比较真切地、比较深入地认识屯堡在明清时期国家战略上的重要意义。